eDNA analiza kao neinvazivni monitoring vrsta u vodenim ekosistemima

Metoda je snažna, ali nije magična: signal može putovati nizvodno, razgraditi se ili biti kontaminiran. Zbog toga nalaz mora da se tumači u okviru protoka, dizajna uzorkovanja, kontrola i pitanja na koje monitoring pokušava da odgovori.

Klasične terenske metode mogu propustiti retku, skrivenu ili sezonski prisutnu vrstu. eDNA omogućava da se iz uzorka vode traži genetički trag koji organizmi ostavljaju u okolini, bez hvatanja svake jedinke.

Principi eDNA: od organizma do detektovanog signala

Organizmi u vodu otpuštaju ćelije, sluz, izmet i druge biološke tragove iz kojih se može izdvojiti DNK. Signal se prenosi i razgrađuje pod uticajem protoka, temperature, svetlosti, sedimenta i mikroorganizama, pa mesto detekcije nije nužno mesto na kome se jedinka trenutno nalazi.

eDNA je naročito korisna za retke, skrivene ili invazivne vrste, ali je najbolje koristiti je zajedno sa klasičnim terenskim metodama kada su potrebni podaci o brojnosti, starosnoj strukturi ili stanju staništa.

Detekcija vrsta qPCR i metabarkoding: ciljana i masovna analiza

Kod qPCR ili digitalnog PCR pristupa prajmeri i probe ciljaju određenu vrstu ili grupu. Metabarkoding koristi univerzalnije prajmere i sekvenciranje da bi iz jednog uzorka opisao veći broj taksona, ali rezultat zavisi od referentne baze i pristrasnosti amplifikacije.

Izbor metode mora da prati pitanje monitoringa: rana detekcija invazivne vrste, potvrda ugrožene vrste i pregled cele zajednice nisu isti zadatak.

Lažno pozitivni i lažno negativni rezultati: tumačenje i upravljanje greškama

Kontaminacija opreme ili laboratorije može dati lažno pozitivan nalaz, dok mala količina DNK, inhibitori, loš dizajn prajmera ili nedovoljan broj uzoraka mogu dati lažno negativan rezultat.

• Odvojiti čiste i post-PCR prostorije i koristiti terenske i laboratorijske blankove.
• Raditi biološka i tehnička ponavljanja i unapred definisati prag potvrde.
• Kod važnog nalaza potvrditi rezultat drugom metodom ili nezavisnim uzorkovanjem.